O SQL Explorer é um plugin que permite acessar e fazer consultas SQL a bancos de dados a partir do Eclipse. Veja abaixo os passos para instalar e configurar a conexão ao banco. Utilizei o Eclipse Ganymede (3.4.1).

SQL Explorer - clique na imagem para ampliar

Instalando o plugin
- Acesse o menu Help > Software Updates…
- Na aba Available Software, clique no botão Add Site…
- Informe no campo Location o endereço http://eclipsesql.sourceforge.net/ e clique OK.
- A opção SQLExplorer Updates aparecerá na listagem. Dentro desta opção, selecione Eclipse SQL Explorer e Eclipse SQL Explorer RC6 P6
- Clique no botão Install…
- Confirme os plugins e clique Next
- Aceite a licença e clique em Finish
- Reinicie o Eclipse
Configurando o conector do MySQL
- Acesse o menu Window > Preferences
- Acesse a opção SQL Explorer > JDBC Drivers
- Selecione a opção MySQL Driver e clique no botão Edit
- Se você não tem um conector ainda, baixe um do site do MySQL
- Na aba Extra Class Path, clique no botão New
- Selecione o caminho do arquivo jar do conector
- Após informar o arquivo, clique no botão List Drivers
- Selecione o driver apropriado (normalmente com.mysql.jdbc.Driver)
- Clique no botão OK para concluir.

Configurando uma conexão ao MySQL
- Acesse o menu Window > Open Perspective > Other
- Selecione a perspectiva SQL Explorer
- Na janela Connections, clique com o botão direito do mouse e selecione a opção New Connection Profile…
- Dê um nome para a conexão, selecione o driver do MySQL
- Informe a URL do banco (exemplo: jdbc:mysql://localhost:3306/nome_do_banco)
- Informe o usuário no campo User
- Expanda a árvore da conexão criada, clique com o botão direito do mouse sobre o usuário root, Connect
- Após informar a senha, você estará conectado ao banco
- Faça suas consultas na janela SQL Editor
- Se uma janela SQL Editor não abrir automaticamente, botão direito sobre o nome da conexão > New SQL Editor
Passei algumas horas usando o plugin. Embora eu saiba que os propósitos das duas ferramentas sejam diferentes, cheguei à conclusão de que nada substitui o phpMyAdmin, que tem wizards para tudo.